以前は問題なかったとのことですが､同じMIDIファイルを以前と同じ設定方法で読み込んでいるのにずれるようになったのでしょうか。

MIDIファイルによっては､｢MIDIファイルのインポート｣ダイアログの｢開始小節｣や｢頭に挿入する空白小節の数｣のオプションでの調整が必要な場合があります。

また､お使いのMIDIファイルがメトロノームに合わせて作られたものではない可能性もあります。

付属のMIDIファイル Violet.mid のメロディーをインポートするとどうなりますか。このファイルのメロディーはチャンネル4に収録されていますので､｢MIDIファイルのインポート｣ダイアログでチャンネル4だけを選択し､｢開始小節｣と｢頭に挿入する空白小節の数｣を0にしてOKボタンを押してください。そして､スタイルを選択し､ソングを演奏してみてください。伴奏パートとメロディーパートは最後までずれないはずです。

これでもだめなら､オプションメニュー＞工場出荷時の初期設定に戻す で一度リセットしてみてはいかがでしょう。