『オーディオファイルの作成』ダイアログの「リードインを含める」が有効で、「ドラムのカウントインを含める」が無効になっていると思います。つまり、「ドラムのカウントインがないリードインが含まれる」ような設定が行われています。両方のオプションを無効にしてオーディオ変換すると、ファイルの頭に無音が挿入されません。

『リードイン&メトロノームオプション』ダイアログは、ソングの演奏や録音時に適用されるもので、オーディオファイルの変換には影響を与えません。