in midi non dovrebbero esserci problemi, mai.
In wav è possibile se hai molti programmi installati o diversi che usano le risorse audio.
A volte un interrupt generato da altri programmi provoca queste micropause.
Per i migliori risultati è bene avere una configurazione "pulita", con pochi programmi audio e pochi servizi che lavorano contemporaneamente.
IO, quando faccio conversioni, premo Ctrl-Alt-Can e disabilito tutto quello che non serve.
Però è un modo di agire molto delicato, devi avere una buona consocenza dei servizi che girano in background.
E' anche utile usare un disco dati ben deframmentato.